Francisco J. Ayala è nato a Madrid (Spagna) il 12 marzo 1934. Professore di Scienze Biologiche e di Filosofia presso l'Università di California ad Irvine, dove è uno specialista di genetica dell'evoluzione cioè dello studio del cammino e del corso dell'evoluzione attraverso il dna. Noto per le sue ricerche sulla genetica delle popolazioni e dell'evoluzione, oltre che in questa disciplina Ayala ha dato notevoli contributi nei campi dell'educazione, della filosofia, dell'etica, della religione nonché della politica scientifica degli Stati Uniti.

Ha rivoluzionato la teoria dell'evoluzione usando da pioniere la biologia molecolare nello studio dei processi evoluzionistici, portando così ad un nuovo livello la comprensione dell'origine delle specie, della pervasività della diversità genetica, della struttura genetica delle popolazioni e della velocità evolutiva. Le sue scoperte biologiche hanno aperto nuove prospettive nella prevenzione e terapia di malattie che affliggono centinaia di milioni di persone, compresa la malaria.

I suoi scritti filosofici vanno dal metodo scientifico alle basi biologiche dell'etica e comprendono l'interfaccia fra la religione e la scienza. Ayala è stato presidente della American Association for tre Advancement of Science (AAAS).
Dal 1994 al 2001 è stato membro del Consiglio di Consulenza sulla Scienza e la Tecnologia del Presidente Clinton. È membro della U.S. National Academy of Sciences, della American Academy of Arts and Sciences, della American Philosophical Society e della Accademia dei Lincei. Ha ricevuto numerose lauree ad honorem, fra le quali quella dell'Università di Bologna nel 2000.

Ha ricevuto molte onorificenze comprese la U.S. National Medal of Science nel 2001, la Gregor Mendel Honorary Gold Medal, ed il Sigma XI's William Procter Prize for Scientific Achievement. Autore di oltre 800 articoli e 15 libri, il prof. Ayala è stato definito dal The New York Times l'uomo del rinascimento della biologia evoluzionistica.